Następny etap dla muzeum rozpoczął się dokładnie w 30-stą rocznicę jego istnienia wraz z przeniesieniem liceum do nowego budynku przy ul. Oświęcimskiej. Miało to miejsce we wrześniu 1999 roku. Fakt ten zbiegł się z chorobą i śmiercią założycielki i opiekuna muzeum. W lutym 2000 roku pożegnaliśmy nieodżałowaną Pelagię Kwapulińską – doktora nauk humanistycznych, nauczyciela cieszącego się wielkim autorytetem. Aby uczcić pamięć zmarłej, we wrześniu 2001 roku odbyła się uroczystość nadania Muzeum Szkolnemu jej imienia. Poprzedziła ją sesja na temat historii Kochłowic oraz śląskich tradycji i zwyczajów przygotowana przez uczniów liceum w oparciu o eksponaty muzealne. Zorganizowana została również wystawa pamiątek związanych z osobą założycielki.. Większość zbiorów udostępniła siostra zmarłej – Kornelia Krzesińska. Obecnie stanowią one ekspozycję stałą.
Od września 1999 roku nowym opiekunem muzeum jest nauczycielka historii Barbara Bugaj – Hojka. Tak jak w latach poprzednich eksponaty muzealne stanowią doskonałą bazę źródłową, uatrakcyjniają lekcje historii w klasach liceum i gimnazjum. W sali wystawowej prowadzone są lekcje historii, zajęcia z edukacji regionalnej i kółka zainteresowań. Tematyka dotyczy przede wszystkim historii naszego miasta i regionu: powstań i plebiscytu, życia codziennego na Śląsku, a także wybitnych postaci z Kochłowic. Przykładem może być sesja poświęcona Janowi Wyplerowi. Muzeum odwiedzili nauczyciele i uczniowie szkół rudzkich, chorzowskich, a nawet europejskich z Włoch, Hiszpanii, Finlandii, Rumunii i Portugalii goszczący w naszej szkole w ramach projektu Sokrates –Comenius realizowanego w latach 1999 - 2005.
Muzeum Szkolne utrzymuje współpracę z Muzeum Miejskim im. Maksymiliana Chroboka oraz z Muzeum Historii Katowic. W 2001 roku wypożyczyło eksponaty na wystawę pt. „Polsko – niemiecka wojna papierowa 1921” zorganizowaną przez Muzeum Miejskie w Rudzie Śląskiej.
W związku ze złym stanem wielu dokumentów konieczne są prace konserwatorskie, niektóre z eksponatów zostały poddane renowacji w Pracowni Konserwatorskiej w Katowicach.
Ostatnią ważną wystawę przygotowano w muzeum w październiku 2005 roku z okazji nadania szkole imienia Jana Pawła II. Stanowiły ją publikacje autorstwa patrona oraz książki, albumy i znaczki pocztowe dotyczące pontyfikatu papieża. Zbiory udostępnił proboszcz kochłowickiej parafii ksiądz Jerzy Lisczyk. Ekspozycje uzupełniały prace graficzne nauczyciela plastyki - Ireny Imańskiej .
Tak jak w poprzednich latach uczniowie wzbogacają zbiory muzeum, przynosząc nowe eksponaty. Nową kategorię stanowią pamiątki poświęcone patronowi oraz osobom związanym z naszą szkołą, zmarłym dyrektorom - Emanuelowi Pitlokowi i Janowi Gacce - a także wspomnianej Pelagii Kwapulińskiej.
Muzeum Szkolne od ponad trzydziestu lat jest wizytówką III Liceum Ogólnokształcącego w Rudzie Śląskiej - Kochłowicach. Prowadzone są tu zajęcia z historii, warsztaty, spotkania z ciekawymi ludźmi.
Od 1969 roku życie kochłowickiego liceum nabrało nowego wymiaru, nowej jakości. Stało się tak za sprawą niezapomnianej nauczycielki – Pelagii Kwapulińskiej, niezwykłego historyka, pedagoga i wychowawcy. Swoją pasją – historią regionu - potrafiła zarazić wiele pokoleń uczniów. Doświadczenie, ogromna wiedza, a przede wszystkim wspaniały kontakt z młodzieżą pozwoliły jej zrozumieć, że nauczanie historii będzie bardziej interesujące i skuteczne, kiedy wykorzysta się bazę istniejącą w lokalnym środowisku, jeżeli źródłem poznania staną się konkretne przedmioty, rzeczywistość, która nas otacza. Z wielkim entuzjazmem i energią zainicjowała gromadzenie w szkole pamiątek rodzinnych związanych z historią miasta i regionu. Bezgraniczne zaangażowanie nauczyciela i uczniów oraz akceptacja pomysłu przez dyrektora szkoły – Emanuela Pitloka, umożliwiły zebranie w krótkim czasie tak wielu eksponatów, że konieczne stało się stworzenie Izby Pamięci, którą następnie przekształcono w Muzeum Szkolne.
Niewątpliwie miejsce to stało się duszą kochłowickiego liceum, nadało mu specyficzny klimat i na długie lata zadecydowało o jego humanistycznej tradycji. Połączenie pracowni historycznej z muzeum w placówce szkolnej przyczyniło się do uatrakcyjnienia lekcji, umożliwiło bezpośredni kontakt uczniów ze źródłami historycznymi. Gromadzenie oryginalnych eksponatów – dokumentów, fotografii, przedmiotów codziennego użytku pogłębiło zainteresowania uczniów historią Śląska, wyzwoliło w nich chęć poszukiwania pamiątek rodzinnych, umożliwiło bezpośrednie, emocjonalne zaangażowanie się w proces zdobywania wiedzy, sprzyjało pobudzaniu pasji badawczej.
Istnienie muzeum zainaugurowano w 1969 roku poświęconą 50 - tej rocznicy I powstania śląskiego wystawą, którą udostępniono mieszkańcom miasta. To spowodowało zaangażowanie całego lokalnego środowiska w akcję gromadzenia pamiątek. W 1971 roku zaprezentowano nową ekspozycję pt.” Powstania śląskie w Rudzie Śląskiej”. Rok później eksponaty kochłowickiego liceum wzbogaciły miejską wystawę w Bielszowicach zorganizowaną z okazji 50-lecia wybuchu III powstania śląskiego.
W 1971 roku powstały nowe ekspozycje. W konsekwencji zbiory Muzeum Szkolnego podzielono na trzy działy: historyczny, etnograficzny i numizmatyczny.
Dział historyczny stanowią fotografie rodzinne, dokumenty (głównie z okresu powstań i plebiscytu), mapy, książki, gazety, widokówki, mundury, odznaczenia, militaria, sztandary.
Na szczególną uwagę zasługują najstarsze eksponaty – nóż z okresu średniowiecza, fragmenty naczynia z grodziska kochłowickiego datowane na XIII wiek, bardzo stary (nie- wydatowany) kołczan, a także strzały z Afryki, XVIII i XIX - wieczna biała broń, fragmenty Tory żydowskiej na pergaminie, książki z XIX i początku XX wieku, mapa sztabowa Franciszka Wilka – dowódcy kompanii kochłowickiej w III powstaniu śląskim, dokumenty wydane przez Międzysojuszniczą Komisję Rządzącą i Plebiscytową, „palcówka”- z drugiej wojny światowej, korespondencja z obozów koncentracyjnych.
Dział etnograficzny reprezentują stroje ludowe (bytomski kobiecy i męski), narzędzia pracy i sprzęty gospodarstwa domowego: cepy, tarła do prania, maszyna do szycia Singer ,maszyny do pisania, żelazka z „duszą”, wagi, zegary, aparaty fotograficzne,
a także instrumenty muzyczne. Osobliwością tego działu są naczynia porcelanowe
z przełomu XIX
i XX wieku pochodzące z nieistniejącej huty „Franciszek” w Bykowinie. Prawdziwym okazem jest kufel sprzed I wojny światowej z mosiężną ozdobną przykrywką.
Dział numizmatyczny zawiera monety świata stare i współczesne, banknoty i tak zwane notgelty ( banknoty zastępcze z okresu plebiscytu na Górnym Śląsku).
Do najciekawszych eksponatów należą monety rzymskie, moneta chińska z otworem, a także banknoty z okresu inflacji i reformy walutowej z 1924 roku oraz z czasów
II wojny światowej.
Odrębną kategorię zbiorów stanowią pamiątki związane z ważnymi postaciami żyjącymi w mieście i sławnymi Ślązakami - Janem Wyplerem, Wincentym Janasem, Piotrem Niedurnym, Wojciechem Korfantym, Karolem Miarką.
Kolejne lata funkcjonowania muzeum obfitowały w nowe wystawy: „Od powstań śląskich do Polski Ludowej”, „Poczet powstańców śląskich”, „II wojna światowa”, „Historia książki”, „Monety świata”, „Podręczniki i historia szkolnictwa”, „Historia Kochłowic”, „Profesor Jan Wypler – pedagog i językoznawca”, „Juliusz Marcisz – powstaniec i malarz”, „Publikacje naukowe absolwentów liceum”.
W 1974 roku liceum kochłowickie otrzymało medal Komisji Edukacji Narodowej za najlepszą Izbę Pamięci w województwie katowickim. Jesienią 1976 roku z inicjatywy władz miasta i członków Towarzystwa Przyjaciół Rudy Śląskiej powstała Miejska Izba Regionalna, która z czasem przekształcona została w Muzeum Miejskie. Tam też swoje eksponaty udostępniło Muzeum Szkolne, część zbiorów pozostała w nim do dnia dzisiejszego. Wiele materiałów i eksponatów było podstawą prac magisterskich, studiów i badań. Katarzyna Zbytniewska zajmowała się postacią Jana Wyplera w pracy magisterskiej „ Jan Wypler – jego twórczość pisarska i przekładowa. Zachowana spuścizna kochłowiczanina.” Beata Starzyk badała znaczenie Muzeum szkolnego w środowisku „Muzeum Szkolne III Liceum Ogólnokształcącego w Rudzie Śląskiej Kochłowicach i jego znaczenie dla środowiska szkolnego w mieście.”
